ハンナ・ソマティクスの理論は、脳神経学に基づいています。筋肉は脳が制御しています。慢性的な肩こりや腰痛、姿勢の歪みも脳により制御されているのです。しかし、この制御は無意識です。したがって、ハンナ・ソマティクスでは、脳を使って筋肉を変えます。つまり、意識的に身体を動かし感じることで、脳による筋肉の制御を無意識の層から意識的な層にシフトさせ、身体的な問題を改善します。
慢性的な肩こりや腰痛の原因となる筋肉の収縮を、ハンナ・ソマティクスでは感覚運動健忘（センサリー・モーター・アムネジア/SMA）と呼びます。
感覚運動健忘（以下SMA)とは、ストレスや外傷などが原因で、無意識のうちに筋肉が収縮し続け、動かしにくくなったり、凝りや張りがあっても、それが普通だと感じてしまう状態を言います。
SMAの典型例は、慢性的な肩こりや腰痛、姿勢の歪みなどです。
このSMAを解決するために、トーマス・ハンナ博士によりハンナ・ソマティック・エクササイズが考案されました。一旦収縮させた筋肉を、意識的にゆっくりと緩めるという動きによって、筋肉の制御を、脳の無意識の領域から、随意の意識的な領域である皮質へと移行させます。このように脳と筋肉のつながりをリセットすることで、SMAを解消し、中枢神経から筋肉をリラックスさせます。
怪我や手術などの外傷や、長年のストレス、同じ動作の繰り返しなどによって、硬く縮こまった筋肉（SMA）は、再び柔らかく、弾力のある状態に戻ります。それにより、長年の悩みだった肩こりや腰痛は改善し、身体はいつの間にか動くようになり、前よりももっとリラックスすることができるようになるのです。
